Politeknik Kesehatan Kemenkes Kalimantan Timur sebagai unit pelaksana teknis di lingkungan Kementerian Kesehatan RI yang berada di bawah Badan Pengembangan Pemberdayaan Sumber Daya Manusia Kesehatan (Badan PPSDM Kesehatan) mempunyai tugas pokok melaksanakan pendidikan Vokasi dan Profesi yang menghasilkan lulusan di bidang Keperawatan, Kebidanan dan Analis Kesehatan.
Politeknik Kesehatan (Poltekkes) Kemenkes Kalimantan Timur berdiri berdasarkan Keputusan Menteri Kesehatan dan Kesos RI Nomor: 298/Menkesos/SK/IV/2001 tentang Organisasi dan tata kerja Politeknik Kesehatan terakhir diperbarui berdasarkan Keputusan Menteri Kesehatan No nomor: 855/MENKES/SK IX/2009 tentang Susunan dan Uraian Jabatan Serta Tata Hubungan Kerja Politeknik Kesehatan. Perkembangan Politeknik kesehatan Kemenkes Kalimantan Timur sejalan dengan Undang-Undang Pendidikan Tinggi No.12 Tahun 2012 khususnya Pasal 29 ayat 2 sesuai dengan Peraturan Presiden No.8 Tahun 2012 tentang KKNI dan menjadi acuan dalam pengembangan jalur vokasi dan profesi.
Dibentuknya Politeknik Kesehatan Kementerian Kesehatan Kalimantan Timur dimulai dengan adanya kebutuhan dan tuntutan akan pelayanan kesehatan khususnya di rumah sakit pada saat itu, yaitu sekitar tahun 1960 dengan dilaksanakannya program pendidikan yang disebut BMT (Basic Medical Training). BMT merupakan pendidikan dalam bentuk pelatihan yang dilaksanakan selama 3 (tiga) bulan bagi tenaga kesehatan dengan dasar pendidikan terendah lulusan SD/SMP. Kemudian ditingkatkan menjadi pendidikan 1 tahun disebut sekolah guru kesehatan atau sekolah penjenang kesehatan B dengan input pendidikan ini berasal dari lulusan SD. Pada saat yang sama, karena tuntutan pelayanan yang lebih baik, maka sekolah penjenang kesehatan yang berasal dari lulusan SMP juga diselenggarakan dan disebut sekolah penjenang kesehatan C kemudian berkembang dan disebut SPK A dengan lama pendidikan 2 tahun.
Dengan adanya tuntutan akan pelayanan kesehatan bagi kesehatan bagi kesehatan ibu dan bayi juga menuntut dibukanya sekolah bidan pada tahun 1963. Input untuk pendidikan bidan ini yaitu lulusan SMP dengan lama pendidikan 3 tahun. Dengan perkembangan dari berbagai segi kehidupan dan berjalannya waktu sekolah bidan terus berlangsung. Kemudian sekolah penjenang kesehatan B ditiadakan dan sekolah penjelang kesehatan C/SPK A ditingkatkan jenjangnya menjadi sekolah perawat / sekolah pengatur rawat dengan rekrutmen calon siswanya yang berasal dari lulusan SMP yang diselenggarakan selama 3 tahun.
Pada tahun 1972 sekolah bidan ditutup, sekolah pengatur rawat dikonversi menjadi Sekolah Perawat Kesehatan (SPK) Depkes pada tahun 1977. Sekolah bidan yang pada awalnya calon peserta didiknya dari lulusan SMP ditambah 3 tahun pendidikan bidan dikonversi menjadi program pendidikan bidan yaitu lulusan SPK/SPR ditambah 1 tahun pendidikan bidan. Pada tahun 2000 SPK ditutup, yang sedang berlangsung diselesaikan untuk diluluKeputusanan dan yang baru (siswa TK.I) menjadi sekolah yang setara dengan sekolah kejuruan dimana kurikulumnya juga berbeda dengan SPK yang sudah berakhir.
Untuk meningkatkan mutu pelayanan kesehatan khususnya dibidang perawatan maka semua pendidikan tenaga kesehatan harus berbasis lulusan Diploma III. Oleh karena itulah maka pendidikan kesehatan yang berada di bawah pembinaan Departemen Kesehatan dikonversi menjadi pendidikan diploma III. Sehingga pada tahun 2000 SPK Depkes Samarinda dan SPK Depkes Balikpapan dikonversi menjadi AKPER (Akademi Keperawatan) Depkes dan AKBID (Akademi Kebidanan) Depkes.
Sejak tahun 2002 dalam rangka menyederhanakan semua pendidikan tenaga kesehatan yang berada dalam pembinaan Departemen Kesehatan dibentuklah Politeknik Kesehatan di seluruh Indonesia. Politeknik kesehatan merupakan perguruan tinggi yang dikelola Kementerian Kesehatan menyelenggarakan pendidikan diploma III dan diploma IV, memiliki jurusan dan program studi untuk menyiapkan ahli madya – ahli madya profesional pemula dan Sarjana Terapan yang siap kerja untuk semua bidang di unit layanan kesehatan. Perubahan sebutan Departemen menjadi Kementerian pada sistem pemerintahan disertai perubahan nama Poltekkes menjadi Politeknik Kesehatan Kementerian Kesehatan Kalimantan Timur.
Undang-undang Nomor 20 Tahun 2003 menetapkan bahwa pengelolaan sistem pendidikan nasional menjadi tanggung jawab Menteri Pendidikan dan Kebudayaan. Dalam undang-undang tersebut juga diatur bahwa pengelolaan satuan pendidikan tinggi dilaksanakan berdasarkan prinsip otonomi, akuntabilitas, jaminan mutu dan evaluasi yang transparan. Dalam kerangka pelaksanaan Undang-Undang Nomor 20 Tahun 2003 tentang Sistem Pendidikan Nasional, Undang-Undang Nomor 12 Tahun 2012 tentang Pendidikan Tinggi dan dengan memperhatikan Peraturan Pemerintah Nomor 19 Tahun 2005 tentang Standar Nasional Pendidikan, telah ditetapkan Surat Keputusan Bersama (SKB) Menteri Kesehatan dan Menteri Pendidikan Nasional Nomor 14/VIII/KB/2011 – Nomor 1673/Menkes/SKB/VIII/2011, tentang Penyelenggaraan Politeknik Kesehatan yang diselenggarakan oleh Kementerian Kesehatan. Dalam SKB tersebut diatur : (1) Menteri Pendidikan Nasional melakukan pembinaan akademik terhadap penyelenggaraan pendidikan di Politeknik Kesehatan, (2) Menteri Kesehatan melakukan pembinaan teknis terhadap penyelenggaraan pendidikan di Politeknik Kesehatan untuk mencapai standar kompetensi, dan (3) Menteri Kesehatan mempersiapkan usul pengalihan pembinaan akademik antara lain : ijin penyelenggaraan pendidikan, standar pendidikan, standar kurikulum, jabatan akademik dosen dan penjaminan mutu Politeknik Kesehatan kepada Menteri Pendidikan Nasional sesuai dengan ketentuan Peraturan Perundangundangan.
Pada tahun 2012 telah ditetapkan Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan nomor 355/E/0/2012 tanggal 10 Oktober 2012 tentang Alih bina penyelenggaraan Program Studi pada Politeknik Kesehatan Kementerian Kesehatan dari Kementerian Kesehatan kepada Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan, dalam hal ini adalah Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi. Pada tahun 2014 Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi menjadi kementerian tersendiri yaitu Kementerian Riset Teknologi dan Pendidikan Tinggi. Dengan demikian program studi yang dimiliki Politeknik Kesehatan saat ini berada dibawah pembinaan Kementerian Riset Teknologi dan Pendidikan Tinggi. Unsur-unsur akademik yang harus diikuti oleh prodi Politeknik Kesehatan dengan mengacu kepada ketentuan Kemenristek dan Dikti yang meliputi : izin penyelenggaraan, standar kurikulum, standar pendidikan, jabatan fungsional dosen dan penjaminan mutu.
Politeknik Kesehatan Kementerian Kesehatan telah terakreditasi BAN PT dengan Peringkat B berdasarkan Keputusan No. 61/SK/BAN-PT/Akred/PT/IV/2018 saat ini mempunyai 10 prodi Reguler , serta 2 Prodi Pendidikan Jarak Jauh yaitu D III Keperawatan dan D III Kebidanan. Tahun 2018 mulai menyelenggarakan Pendidikan prodi Sarjana Terapan GIz dan Dietetika berdasarka Kepmenristekdikti NO 653/KPT/I/2018 dan juga prodi Pendidikan Profesi Ners berdasarka Kepmenristekdikti No. 904/KPT/I/2018.
Tahun 2019 berdasarkan Kepmenristekdikti No. 397/KPT/I/2019 telah disetujui pembukaan prodi Sarjana Terapan Promosi Kesehatan, dan di tahun 2020 berdasarkan Kepmendkbud No 100/M/2020 telah disetuji pembukaan Prodi Pendidikan Profesi Bidan yang mulai menerima mahasiswa baru di TA 2020/2021.
