Berdasarkan struktur organisasi Poltekkes Kemenkes Kaltim periode 2018-2022. Poltekkes Kemenkes Kaltim terdiri dari 3 Pusat dan 5 Unit. Sebagai Berikut:

Pusat :
  1. Pusat Penjaminan Mutu
  2. Pusat Penelitian dan Pengabdian Masyarakat
  3. Pusat Pengembangan Pendidikan
Unit :
  1. unit usaha
  2. unit perpustakaan terpadu
  3. unit laboratorium terpadu
  4. unit teknologi informasi
  5. unit pengembangan bahasa