Berdasarkan struktur organisasi Poltekkes Kemenkes Kaltim periode 2018-2022. Poltekkes Kemenkes Kaltim terdiri dari 3 Pusat dan 5 Unit. Sebagai Berikut:
Pusat :
-
Pusat Penjaminan Mutu
-
Pusat Penelitian dan Pengabdian Masyarakat
-
Pusat Pengembangan Pendidikan
Unit :
-
unit usaha
-
unit perpustakaan terpadu
-
unit laboratorium terpadu
-
unit teknologi informasi
-
unit pengembangan bahasa